Hacia finales de 1923, el P. Efraín Fernández presentó la proposición de la creación de la Prefectura Apostólica en el Magdalena Medio, con el fin de ir organizando la jurisdicción eclesiástica y para facilitar el trabajo misionero.

Su Santidad Pío XI mediante la ejecución de la Bula Apostólica "Dominici Gregis Regiminis" erige la Prefectura del río Magdalena, separandola de la Dióceis de Santa Marta, Nueva Pamplona y Socorro y San Gil, encargando su gobierno a la Compañía de Jesús de la Provincia colombiana.

En el día de San Pedro Claver, inicio la Prefectura Apostólica, el primer Prefecto Apostólico fue Monseñor Carlos Hilario Correa.

Tras cuatro años por motivos de salud renuncia Mons. Carlos Hilario Correa y la Sagrada Congregación "Propaganda Fide" nombra al Padre Rafael Toro como nuevo Prefecto Apostólico.

El P. Bernardo Arango Henao S.J., es nombrado nuevo Prefecto del río Magdalena, ya que en 1947 Mons. Rafael Toro después de 15 años al frente de la Prefectura Apostólica renuncia por motivos de salud.

La Santa Sede eleva la Prefectura Apostólica a Vicariato Apostólico por decisión de su Santidad Pío Xii, Mediante la Bula Apostólica "Apostolicis Sub Plumbo Litteris Dominici Gredis".

A finales del siglo XVIII (1884) y comienzos del siglo XIX, los padres de la Compañía de Jesús, con sede en la ciudad de Barranquilla, acompañaron un proceso evangelizador para esta zona de Colombia, denominada la misión del río Magdalena. Fundamentalmente hacían visita para catequizar y celebrar los sacramentos. Con las visitas de los misioneros, fueron consolidándose algunas parroquias a lo largo del río Magdalena. Hacia el final de 1923 el P.